本世紀是微生物世紀，在環境可控的條件下，功能微生物一般都能很好地發揮作用。生物菌肥就是在此背景下出現的一種新型肥料。利用微生物加速土壤中植物殘體的腐解，形成腐殖質，增加土壤中的有機質含量。改善土壤理化性質，通過微生物降低土壤容重，增加土壤孔隙度，增加團粒結構的生成，提高土壤通氣透水能力。那么生物菌肥的作用有哪些呢？
1、改善土壤理化性狀
生物菌肥能將空氣中的游離氮固定下來，將微量元素轉化為易被吸收的可溶性養分供植物吸收利用，從而提高土壤肥力。當今世界正面臨著食品危機、糧食品質危機、鄉村社會危機及自然地理危機，面對這四大危機，惟有有機農業能開啟生態文明建設的新時代。此外，有益微生物在根際的大量繁殖，不僅能促進大量微生素、激素類物質的合成，提高土壤有機質含量。高質量的生物菌肥值得信賴。
2、增加蔬菜產量
生物菌肥通過大量有益微生物的生命活動改善了土壤理化性質，控制有害細菌的繁殖和危害，能夠促進作物顯著增產。生物菌肥在蔬菜上的應用已經普及。有益微生物菌群代謝產生的植物內源酶和植物生長調節劑能促使葉片光合作用；調節營養元素往果實流動。
3、改善蔬菜產品品質
此外，生物菌肥還可使土壤中有益微生物占很大優勢，從而分泌出能殺真菌和有害細菌的抗菌素，防止和減輕了農作物的病害，施用生物菌肥一方面可以通過微生物的代謝產生拮抗物質，例如木霉菌、芽孢桿菌等都可控制病原菌的繁殖及對作物根系的傷害。起到了抗病和保護作用，有利于作物生長和品質的提高。
生物菌肥是在化肥大量施用，出現土壤酸化、土壤板結、環境污染等背景下而研發的新一代生物肥料。這與生物菌肥可以保持與提高土壤肥力、促進作物生長、拮抗土傳病害有著密切的關系。好評的生物菌肥未來將被越來越廣泛使用。